Какую программу использовать для кодирования файлов из MP3 в midi?

Преобразование MP3 в midi обычно не дает хорощих результатов из-за сложности анализа микшированной записи и преобразования ее в формат записи нот.

Попробуйте посмотреть эти программы:
http://www.midi.ru/akoff/
http://widisoft.com/

Также дополнительную информацию Вы найдете здесь: http://www.midi.ru/doc/40.htm